東京聖書教会は、ピーチ・テモテ宣教師と鈴木昌前牧師によって始められました。 ピーチ宣教師1936年に初来日して、岐阜県高山、愛知県名古屋などで伝道していましたが、 日米間の摩擦が激しくなって、1941年1 月に志半ばで帰米しました。

第二次世界大戦後の1947年6 月に再来日し、世田谷区等々力で伝道を開始しました。1949年に、それまで所属していた宣教団体を離れて独立し、現在地に活動の拠点「東京聖書センタ－」を設けたのが始まりです。1950年12月25日に最初の集会を、越えて1951年1 月7 日の主日礼拝から定期集会を開始しました。

1952年10月に宗教法人の認可を受け、伝道・牧会、幼稚園、ラジオ放送、出版などの活動を行ってきました。諸般の事情のもと、幼稚園は1997年3月、ラジオ放送は2012年3月をもって終了しました。

それまで、定期的に主日礼拝、伝道会、祈祷会などを行ってきていましたが、キリスト教 会として規約などを整えて、鈴木昌が牧師に就任し、発足したのは1957年4 月7 日です。
信仰の立場は、「第二ロンドン信仰告白(1689)」、「バプテスト教理問答書」(1693)に見られるカルビン主義の単立バプテストです。 なお、日本各地にある同じ信仰の立場の諸教会と協力し「恵み会」を毎年開催し、学びと交わりを続けています。

1996年4 月から竹口英機が牧師となって現在に至っています。