メソジスト教会
横浜本牧教会は、キリスト教プロテスタントの教派である「メソジスト教会」の伝統をもっています。「メソジスト」とは、18世紀のイギリスでジョン・ウェスレーが起こした運動で、今日ではルターやカルヴァンの流れを汲む教派教会と共に、世界でもっともポピュラーなキリスト教派となっています。
ジョン・ウェスレーは「山上の垂訓」を大切に考え、愛による奉仕活動を重視した神学者で、このためメソジスト教会は社会（福祉）活動に非常に熱心な教会でした。
アメリカにおけるメソジスト
イギリスで起こったメソジスト運動は、18世紀後半アメリカ大陸に渡って大きく発展します。19世紀半ばに3つのグループに分かれましたが、20世紀にひとつとなり、現在は1000万人近い教会員を有する、アメリカで2番目に大きなプロテスタント教会になっています。
日本への伝道
横浜本牧教会は日本で最初のメソジスト・プロテスタント教会です。19世紀後半、海外から多くの教派教会が日本に宣教師を派遣して伝道を始めました。そうしたなか、アメリカのメソジスト教会「メソジスト・プロテスタント教会」は、1883年に若き宣教師フレデリック・クラインを横浜に派遣しました。
クライン宣教師は、学校教育に携わる傍ら伝道に努め、1886年7月11日に教会を誕生させました。これが、当時「横浜第一美普（みふ）教会」と呼ばれた横浜本牧教会の前身です。
現在の横浜本牧教会
創立時に尾上町にあった会堂は、山下町・松影町を経て、1918年に現在の本牧町1丁目に移転しました。しかし1923年に起きた関東大震災によって全壊し、再建。1941年には名称を「横浜港南教会」としますが、1945年の横浜大空襲で再び会堂を焼失。1950年に再建し、1959年に現在の「横浜本牧教会」へと改称。1975年に現在の会堂へと建て直され、現在に至っています。